かなり人間と共生していると理解しました。
私の解釈ではカイジュウの出現から時間がかなり経過して退治をすることは簡単にできる時代だということです。たしかに小型カイジュウでも人間の素手ではかなわないのですが、知識や装備のある警察官レベルなら迎撃可能だと推測しました。そうなるとカイジュウを密かに飼育、研究することも可能で頭部の一点に釘をさせば生かしたまま動きを止められるなど様々な知識が広まっていると思いました。そうなるとカイジュウはかなり始末されて密かに研究されているものしか残っていないはずです。カイジュウの遺伝子も生存のために人間と融合して姿を隠しました。人間に寄生すれば、都市を歩いていてもすぐさま退治されないという利点があります。人間としてもポンポン殺されなくなったので寄生を甘受している形です。そのように私は設定を想像しましたが全て違いました。
実際は食糧危機に備え、カイジュウつまり特殊生物を実験生物として政府は開発していました。その特殊生物を長期間食べても影響が出ないかを大規模に行っているのがこの閉鎖都市だったのです。地下の岩盤に作られたこの都市は太陽も偽物でした。魅央は弟の仇への復讐を果たして地上に出る決意をしました。拓斗は彼女を守るために共に出ることにしました。